Phương pháp làm sạch PCB cần được lựa chọn phù hợp dựa trên loại ô nhiễm và tình huống sử dụng; không thể áp dụng một cách tiếp cận-kích thước-phù hợp-cho tất cả mọi người. Để vệ sinh định kỳ sau sản xuất, sửa chữa, phương pháp thông dụng nhất là lau bằng cồn khan hoặc chất tẩy rửa điện tử chuyên dụng. Các dung môi này bay hơi nhanh và để lại ít cặn nên thích hợp để loại bỏ cặn trợ dung, vết dầu nhẹ và bụi. Trong quá trình vận hành, người ta thường dùng vải không có xơ hoặc bàn chải mềm để lau nhẹ nhàng dọc theo hướng của đường mạch, tránh dùng lực quá mạnh có thể làm lỏng các bộ phận hoặc làm hỏng mối hàn. Đối với những khu vực bị ô nhiễm cục bộ nghiêm trọng, có thể sử dụng phương pháp làm sạch từ điểm-đến{9}}điểm, giải quyết vấn đề dần dần thay vì lau đi lau lại những khu vực rộng lớn.
Nếu có các chất gây ô nhiễm cứng đầu trên PCB, chẳng hạn như sự tích tụ nhựa thông, vết dầu công nghiệp hoặc cặn hình thành do quá trình oxy hóa-lâu dài, thì có thể xem xét làm sạch bằng sóng siêu âm. Phương pháp này bao gồm việc nhúng bảng mạch vào dung dịch làm sạch chuyên dụng, trong đó hiệu ứng tạo bọt do rung động tần số cao- tạo ra sẽ đánh bật các chất gây ô nhiễm khỏi các kẽ hở nhỏ, dẫn đến việc làm sạch kỹ lưỡng hơn so với phương pháp thủ công. Tuy nhiên, điều quan trọng là phải kiểm soát thời gian làm sạch và công thức chất lỏng để tránh làm hỏng các bộ phận nhạy cảm (chẳng hạn như đầu nối, rơle và micrô). Sau khi làm sạch, việc lau khô kỹ lưỡng là điều cần thiết; nếu không, độ ẩm còn sót lại có thể gây đoản mạch hoặc ăn mòn.
